В XXVI веке, спустя 300 лет после Великой войны, доктор Идо находит в мусорной куче останки женщины-киборга. Он восстанавливает ее и дает имя Алита. Пробуждаясь в новом мире, она не помнит прошлого, но вскоре обнаруживает, что владеет мощными боевыми навыками. В поисках своего утраченного "я" Алита сталкивается с жестокими правилами мира Железного города, где человечность и механика переплетаются. Её путешествие ведет через смертельные испытания, встречи с новыми друзьями и врагами, заставляя бросить вызов могуществу злых сил. Постепенно Алита начинает вспоминать фрагменты прошлого и понимает свою истинную природу, становясь символом надежды и справедливости для угнетенных обитателей мрачного будущего.